电磁兼容和电池检测实验室隶属于福州海关技术中心机电产品检测部。实验室通过了中国合格评定国家认可委员会认可（CNAS），检测能力涵盖电子电气产品的电磁兼容测试、各类电池检测以及环境机械性能测试。电磁兼容检测涵盖信息产品、音视频、家用电器、电动工具、照明设备等产品，检测项目有射频电磁场传导骚扰、射频电磁场辐射骚扰、骚扰功率、谐波电流、电压波动与闪烁、传导骚扰抗扰度试验、辐射骚扰抗扰度试验、静电放电抗扰度试验、电快速瞬变脉冲群抗扰度试验、浪涌抗扰度试验、电压暂降和短时中断抗扰度试验、工频磁场抗扰度试验等项目。电池检测涵盖蓄电池、锂电池、原电池等，检测项目含性能检测（容量、低温启动能力、荷电保持能力、电解液保持能力、循环耐久能力等）、安全检测（过充电、过放电、短路、挤压、跌落等）、机械环境测试（高温、低温、低气压模拟、振动、冲击、碰撞等）。
实验室拥有各类先进的大型仪器设备价值近一千五万元。涵盖电波暗室、屏蔽室、接收机、信号发生器、接收天线、发射天线、电磁兼容抗扰度试验机、高精度功率计、高精度示波器、高精度电池性能测试系统、高低温冲击试验箱、低气压模拟试验机、振动台、冲击台、等高精尖仪器设备。实验室现有职工3人，其中具有博士学位1人，硕士学位1人，获得高级职称2人（正高1人，副高1人），中级职称1人。